Iijoen nimen ohella nimi Kiiminkijoki – varsinkin kun se on hyvin harvinainen – lienee nki-loppuisena alkuperältään saamelaista perua (vrt. sana kipme, giime ’metsälintujen soidin’). Myös väkevän Koitelin(kosken) nimeä voi hyvällä syyllä arvella saamelaiseksi, kuten myös läheisen Jäälinjärven nimeä.

Kiiminkijokea noustaessa Juopuli-nimisen järven nimen takana lienee lapin sana joppol ’pieni järvi’. Jokivarressa suomalaiset ja saamelaiset nimet vuorottelevat ilman selvää järjestystä: Juorkuna (jorka ’pyörivä virtaus joessa’) mutta Hakojärvi (hako ’veteen kaatunut puu’) ja Kivarinjärvi (buollán ’palanut maa’). Jompi kumpi näistä haukiputaalaisten kalajärvistä oli vielä 1500-luvulla nimeltään Kiiminkijärvi.

Suurin osa kalajärville oijustaneista rannikon erätalonpojista ohjasi veneensä kuitenkin nykyisen Ylikiimingin kirkonkylän yläpuolella pohjoisen puolelta Kiiminkijokeen laskevaan Nuorittajokeen. Nimen takana lienee saamen sana nuortatj ’pohjoinen’. Aikansa suovesiä soudeltuaan kulkijat tulivat umpiperään, järvelle nimeltään Aittojärvi. Ilmeisesti jo varhain järven rannoille rakennettiin aittoja eränkäynnin saaliin ja verkkojen säilyttämiseksi. Aittojärven pohjoispuolella olevan vajaan 500 metriä leveän harjukannaksen, Taipaleenharjun, toisella puolella on myös vesi, jonka nimi vanhaan aikaan oli Perälampi. Kun veneet vedettiin maataipaleen yli, voitiin Perälammista jatkaa uusia järvivesiä eteenpäin, mutta nyt Iijoen vesistössä. Tuulijärven kautta laskettiinkin jo Pudasjärveen.

Taipaleenharju sai nimensä vetotaipaleesta. Vielä 1600-luvulla taipaleen poikki kulki hirsistä rakennettu venetie. Yhä tuolloin kävivät Kellon ja Haukiputaan miehet kalastamassa Kuusamon järvillä asti. Nykyisin Oulu–Kuusamo-maantie kulkee pitkin Taipaleenharjua, tuulimyllyt komeina maamerkkeinään. Harju palveli myös maaliikennettä: Sankalan talossa oli pitkään kestikievari.

Saattaa olla, että myös Iijokisuun venemiehet kiersivät Kiiminkijoen kautta välttäen näin oman jokensa monet vaaralliset kosket. Niiden nimistä suomalaisia olivat Raasakka, Maalismaa (”mahlamaa”), Pahkakoski (pahka ’iso kivi’), Haapakoski ja Kipinä, joka kuvannee veden nopeutta. Saamelaisperäisiä nimiä lienevät taas Kierikki (giereke ’kärki, niemi’), Kälkäjä (lp. gälke ’kivi’), Vuorma ja Kollaja.

Iijoen suurimpien sivujokien nimet ovat saamelaisperäisiä. Nimen Siuruanjoki taakse voi aprikoida sanaa tsievra ’karkea sora, rantakivikko’ tai sanaa tjeures ’saukko’, Martimojoen sanaa márte ’näätä’ ja Livojoen sanaa livvo ’peurojen lepopaikka’.

Pudasjärven Tuulijärven nimen takana lienee verbi tuulata ’tuulastaa, tuohustaa’. Itse Pudasjärven nimi johtuu järven monien saarien, samalla hyvien niittysaarien välisistä väylistä, putaista. Pudasjärven keskustaajama on saanut nimen Kurenalus, koska se sijaitsee Iijoen väkevän kosken, Kuren eli Kurenkosken, alla. Siihen sisältyy joko linnunnimi kurki tai vanha henkilönnimi Kurki.