Ii juontaa nimensä Iijoesta, jolla nimellä kylä ja pitäjä vielä keskiajalla usein mainittiin. Iin ruotsinkielinen nimi Ijo viittaa siihen. Iijoen ja -järven nimi on melko varmasti saamelaisperäinen, takana lienee sana ijja, idja ’yö’ (vrt. Inarin Idjajavri-Iijärvi).

Iijoen etelärannalle, kirkon viereen, syntyi kauppapaikka, Hamina. Sana hamina on laina ruotsin sanasta hamn ’satama’. Se, että Iin satama sai nimen Hamina eikä Satama, saattaa johtua siitä, että siellä kävi vanhastaan runsaasti ruotsalaisia, etenkin tukholmalaisia ja sigtunalaisia kauppiaita. Myös karjalaiset kauppiaat olivat vakiovieraita.

Haminan edustalla oli myös Satamansaari-niminen saari, jossa oli kauppa-aittoja. Niihin, puoteihin, viittaa saaren ja etelärannan välinen koski, Puohinkoski. Satamansaari sai sittemmin nimen Kruununsaari. Siinä on Iin hautausmaa, ja sen kohdalta nelostie ylittää Iijoen.

Saaren ja pohjoisrannan välissä virtaa Helsinginkoski. Se viittaa pohjoisimman ruotsalaisheimon, helsinkien, lohenpyyntiin Iijokisuulla. Vanhoista talonnimistä Päkkilä sisältää ruotsalaisen nimen Späck ja Pernu Björnin.

Kaukokaupan uranuurtajia Iijokisuullakin olivat saksalaiset hansat. Heistä oli jäänyt monia muistoja Iin talonnimiin, kuten Kortti Korth, Kurtti Kurt, Pajari Baier, Bayare, Valtari Walther, Härmä Herman ja Sassi Sachse Olhavassa. Raasakan nimi saattaa pohjautua saksalaisnimeen Rasecke, mutta Raasakkakoski on voitu nimetä myös kosken kovuutta kuvaavalla adjektiivilla raasakka. Maalismaa-nimen taustaksi voisi arvella sitä, että maa alkoi tuolloin sulaa lumesta kaskenkaatoon.

Helsinginkosken ranta on tunnettu nimellä Säässinä. Se on itäinen murremuoto sanasta tsasouna ja saattaa viitata pieneen karjalaiseen rukoushuoneeseen. Iijoella onkin runsaasti karjalaisia paikannimiä, kuten Illinsaari. Sen takana on karjalainen henkilönnimi Illi, joka on Iljan variantti. Saaren yläpuolella oli Iijoen paras lohenpyyntipaikka, Venäjänkari. Se viittaa ”venäjänuskoisiin” karjalaisiin.

Keskiajalla tulleista karjalaisista on saanut nimensä Iijokisuulta rapiat kaksikymmentä kilometriä oleva Karjalankylä, johon nykyinen Yli-Iin kirkonkyläkin kuuluu. Kylän vanhoista taloista ainakin Kakko, Hökkä, Maksa, Tuhka ja Porkka ovat vanhoja karjalaisia nimiä.

Jakkukylän Kuopion takana on ortodoksinen nimi Prokopios. Jakku on Jaakob-nimen muunnoksia kuten Kauppikin.

Iin Olhava-nimi pohjautuu sanaan olhava, joka tunnettiin Laatokan Karjalassa merkityksessä ’syvä vesipohjainen notko’.