Vanha tarina kertoo Hailuodon saaneen nimensä mereltä pelastuneiden haaksirikkoisten pyytäjien riemunkiljahduksesta heidän nähdessään maata: ”Hai! Luoto”. Sittemmin huudahdus pantiin Oulun rannalla käyskelleiden mustalaisten piikkiin.

Kyseessä on tyypillinen kansan keksimä selitys oudoksi tulleelle paikannimelle. Tutkimus on osoittanut, että nimi on ollut alun perin Haililuoto, josta se jo varhain lyhentyi loppuheittoisesti kielelle helpompaan muotoon Hailuoto. Sana haili, joka seudun murteessa oli jo unohtumassa, merkitsee ’tuoretta silakkaa’. Nimi on samalla yhdistettävä Karjalan Kannaksen rannikolla ja itäisellä Suomenlahdella esiintyviin vastaavanlaisiin Hai-, Haili-alkuisiin paikannimiin. Se tekee myös perämeren Hailuodosta karjalaisen nimen.

Luotolaisten korvissa helisi kauneimmalta vielä 1800-luvulla se, kun heidän saartaan kutsuttiin sen ”virallisella” nimellä Karlö. Saaresta käytettiin asiakirjoissa lähes yksinomaan tuota nimeä, vaikka Hailuotokin vilahtelee niissä jo 1500-luvulta lähtien. Nimeä Karlö on selitetty ”Karjalansaareksi”, mutta vähintään yhtä todennäköistä on selittää sen johtuvan ruotsin sanoista karl ’mies’ ja ö ’saari’. Helsingin edustalla on nimi Karlö käännetty Miessaareksi.

Hailuotokin oli varmasti ennen asuttamistaan pyyntimiesten, ”hailinpyytäjien”, valtakuntaa. Hailuodon asutuksessa oli vanha karjalainen elementti. Ruotsinkielinen nimi osoittaa, että myös pohjoisin ruotsalaisheimo, helsingit, liikkuivat pyyntimatkoillaan Perämerellä. Sitä kutsuttiinkin keskiajalla toisinaan ”Helsinkien mereksi”. Pääosin Hailuodon asuttivat lounaissuomalaiset 1200-luvulta lähtien. Heille, kainulaisille, Perämeri oli ”Kainuun meri”. Sana kainu merkitsi ’alavaa maata, niittyä’.

Maannousu alkoi kohottaa Hailuotoa merenpinnalle joskus 300-luvulla. 1400-luvulle tultaessa nousi pääsaaren eteläpuolelle kaksi pienempää saarta, joita alun perin kutsuttiin nimillä Hanhiluoto ja Sandön ”Santasaari”. Kun saaret maatuivat kiinni pääsaareen, nimet kehittyivät muotoon Hanhinen ja Santonen.

Hailuodossa on myös nimet Patela ja Virpiniemi, kuten mantereellakin. Mantereinen ”Patela” tunnetaan vanhastaan Pateniemenä. Kumpikin tarkoittaa vanhaa satamapaikkaa – nimien takana on sana pateet ’venevalkaman kahden puolen kivestä rakennetut penkereet’. Sana virpi taas merkitsee ’ohutta puuta, riukua’. Nimet liittävät Hailuodon nimistöä vallitsevasti Pohjanlahden länsirannikon nimikulttuuriin.